Если говорить о грибах и наземных растениях, то их хромосомный набор может поменяться за одно поколение, а гибридизация между видам с разным набором - это скорее правило, чем исключение. Самая примитивная рабочая модель хромосомы - это кольцевая ДНК у бактерий. "Хромосома" или плазмида представлена в единственном экземпляре, состоит из нескольких рамок считывания (оперонов) и имеет один Ori-сайт, с которого стартует репликация. Т.е. специфичный белковый комплекс находит ориджин и запускает процесс репликации, а РНК полимераза, в свою очередь, начинает "считывание" ДНК с разбросанных по кольцу промоторов. У архей система усложнилась, и на одну кольцевую хромосому приходится от 1 до 4 Ori-сайтов, да и сами опероны стали сильно короче и сложнее из-за интронов. А теперь начинаем думать. Есть молекула, в которой есть 4 точки инициации трансляции и кучка оперонов. А есть вирусы, которые не обязательно уничтожают носителя, но могут вклиниваться в геном, чтобы воспользоваться чужим Ori, могут вклиниваться в конкретный оперон, чтобы воспользоваться чужой РНК-полимеразой, или же они могут уйти и забрать с собой фрагмент генома, поломав или "своровав" рамку считывания. В первых двух случая вирус может стать "домашним" и даже функциональным фрагментом генома, который будет хаотично или не очень перемешивать гены по всей хромосоме, порой ломая их, в последнем - вирус формирует сложный линейный фрагмент ДНК, выпадающий из кольцевой молекулы, но не способный уйти из ядра из-за своего размера. В итоге такой фрагмент тоже может "одомашиться", но поскольку он изначально вирусной природы, он будет содержать свой собственный Ori-сайт, а то и два. Поздравляю, у нас в ядре теперь рабочая кольцевая ДНК, а рядом плавает линейная хромосома. Дальнейшие игры транспозонов могут как увеличить эту хромосому, так и "отпочковать" от неё дополнительную. А теперь возвращаемся к нашим баранам, т.е. к позвоночным. Преимущественно раскол хромосом вызывает патологии, несовместимые с жизнью, вы правы. Но если сойдутся звёзды, и веретена деления смогут нормально развести хромосомы, получившиеся в результате скрещивания родителей с разным набором или в результате работы мобильных элементов генома, то может быть молекулярная машина не будет конфликтовать и новый хромосомный набор заработает.
Сам работаю с амёбами, у нашей живности весь рибосомный кластер в какой-то момент откололся от генома, в результате в ядре можно найти несколько десятков нормальных хромосом, зачастую с теломерными участками в центре, к слову, а вокруг них плавает 10-15 тысяч минихромосом с несколькими сотнями копий SSU и LSU на каждую. И интронами. Кучей интронов.