4 сентября 1999 года Постановлением Правительства Российской Федерации № 1004 был образован Государственный природный заповедник "Хакасский". Заповедник был образован на базе реорганизованных государственных природных заповедников «Чазы» и «Малый Абакан».
За время существования заповедника "Хакасский":
- сотрудниками научного отдела проведена полная инвентаризация флоры и фауны (растений и животных) степных участков и участка "Малый Абакан";
- установлено 18 новых для флоры Хакасии видов растений;
- численность некоторых видов животных стала заметно увеличиваться - например, серый журавль и журавль красавка в конце 80-х годов 20-го века считались почти исчезнувшими на территории Хакасии, а теперь достоверно гнездятся на степных участках;
степной хорь, ранее практически исчезнувший вид в степной части Хакасии, в настоящее время интенсивно распространяется не только на участках заповедника, но и на сопредельной территории;
- на озерах Ширинского района появились редкие птицы – черноголовые хохотуны, ранее практически исчезнувшие в Хакасии;
- на горно-таежных участках значительно увеличилась популяция соболя и бурого медведя;
- восстанавливается популяция косули;
В 2007 году заповедник "Хакасский" построил собственное офисное здание в г. Абакане. С 2009 года открыт и работает Музей природы.
За годы существования заповедника "Хакасский" было издано большое количество эколого-просветительской литературы (сборники методических разработок, буклеты, плакаты, календари и т.п.), выпущено 5 сборников научных трудов заповедника. Сотрудники научного отдела принимали активное участие в издании Красной книги Республики Хакасия по редким и исчезающим видам растений и Красной книги Республики Хакасия по редким и исчезающим видам животных.
Сотрудники заповедника много делают для сохранения уникальной природы Хакасии, для изучения ее тайн и белых пятен, для воспитания достойного отношения к окружающему миру. Заповедник всегда открыт для своих друзей и коллег, для людей, желающих узнать больше о родной природе.
