Вопросы чайника

Ну да - они нас не читают...

Ну нет, из приведенной цитаты это не вытекает. Здесь С.П. формализует границу колонии, а не принцип выделения отдельных колоний. Если так обрисовывать, то внутри любой колонии можно выделить конечное количество кластеров, и?
Или по другому - а ближайшее гнездо на соседнем острове - это гнездо этой-же колонии или другой?

Для гнезда соседнего острова рассчитывается граница таким же образом. Если границы пересекаются, значит колония одна и та же. Но это возможно, по-моему, только на совсем уж примыкающих друг к другу островах.
Еще оговаривается, что под этот критерий определения границ не подходят случаи, когда птиц в колонии очень мало и гнезда их расположены очень дисперсно.

Ранее было сказано, что птицы из разных колоний могут питаться на одном и том же участке. Но ведь если отталкиваться от поведенческого подхода определения колонии, птицы выбирающие один и тот же кормовой участок, должны относиться к одной и той же колонии.

На основании чего? Как Вы пришли к такому выводу? А если птицы из одной колонии летают кормиться в разные стороны, то это разные колонии гнездятся на одном острове? А если вчера в одну сторону, а сегодня в две, то вчера одна колония, а сегодня две?

Колонию определяет место для гнездования и суть биологических процессов, связанных с этим. Кормовой участок тут не играет определяющей роли.

Знаете, вот я как-то без всех этих заморочек ясно понимаю, где колония, а где не колония.  Чего и вам желаю.  Займитесь практикой сначала, чем лезть в теорию. К тому же, у колониальности есть самые разные формы, часто не похожие друг на друга.

Гнездовое поведение важнее кормового (и всех остальных) при определении понятия "колония". Кормовое поведение важнее при определении понятия стая. Хотя и с понятием стаи все не так просто - там Вы границу вообще не проведете. Соберутся птицы при миграции в стаю в 1000 особей - будет одна стая в 1000 особей. При кормежке разделятся на две стаи по 500 особей (а потом и миграцию продолжат порознь) - это будет одна стая, разделенная на две, или две новых?
Формальные методы приведут к формальным данным, не отражающим суть биологических процессов. Смысл терминов состоит не в том, чтобы что-то назвать и успокоиться, а в том, чтобы определить понятия, которыми мы сможем оперировать при изучении процессов.
Тот вариант, который Вы привели - когда птицы из нескольких колоний устойчиво кормятся действительно в одном районе, но гнездятся в разных, позволяет нам говорить о системе этих колоний (можете назвать это макро-макро-колонией - это не меняет сути) и дает основания начать искать здесь системные связи. Формальные методы Вам ничего этого не дадут. Зато все будет прекрасно с определениями.

А без практики теории и не бывает вовсе. Для того, чтобы теории выдвигать, нужно что-то познать сначала на практике. А не подгонять практику под голую теорию.

В данном случае, имелось в виду, что всё приходит с опытом. Для начала можно найти колонию чаек. Найти, подсчитать все гнёзда, расстояния между ними, нанести на карту/схему. Будет видно, что гнёзда в них размещаются неравномерно, а образуют группы из 3-4 близкорасположенных гнёзд. В свою очередь, они формируют колонию из нескольких десяток гнёзд. Это поселение (с нескольким десятком гнёзд) бывает отделено десятками метров от другого такого же поселения. Это, так называемые субколониии, формирующие общую колонию из нескольких сотен птиц. И от этого можно отталкиваться, чтобы погружаться в тонкости организации колонии каких-то видов птиц.